Toda ésta zona donde se asienta Bobastro es conocída como Las Mesas de Villaverde, de naturaleza inaccesible, con veredas estrechas y tortuosas además de profundos barrancos y altos tajos.

El interés de la iglesia mozárabe de Bobastro radica en que hasta el momento, es la única muestra arquitectónica que puede definirse como puramente mozárabe, puesto que se trata de un templo levantado por la comunidad cristiana durante el dominio musulmán y el territorio califal. En éste sentido la iglesia de Bobastro, por ahora sea única en su género.De la iglesia tallada en roca arenisca, quedan restos de su primigenia estructura. Diseñada sobre planta basilical, se conservan parte de sus tres naves, separadas por arcos de herradura y de su cabecera con trés ábsides, siendo rectangulares los dos laterales y de herradura el central.

El templo está perfectamente orientado hacia el éste, tiene una longitud de unos diecisiete metros por otros diez de ancho. Estas dimensiones pueden parecer exiguas, pero tratandose de una construcción que fue realizada horadando la roca tiene un valor inestimable.

Es opinión generalizada entre arqueólogos que han trabajado en la zona que en éste yacimiento quedan aún muchos restos por descubrir, ya que lo encontrado hasta ahora demuestra claramente que del conjunto arqueológico de Bobastro sólo se ha excavado una pequeña parte.

Sobre el caudillo muladí Omar Iben Hafsun, su naciemiento se sitúa en la serranía rondeña, se instaló en Bobastro en el año 880 con un grupo de seguidores. Desde ésta zona, que convirtió en cuartel general, preparó la sublevación para derrocar al califato cordobés. Su actividad llegó a preocupar seriamente al califato, pero finalmente fue derrotado en la batalla de Poley en mayo de 891. Su conversión al cristianismo desalentó a no pocos seguidores, de tal modo que el Señor de importantes localidades como; Archidona, Baeza, Úbeda, Priego o Écija se vio abandonado y las ayudas que recibía por parte de los muladíes desaparecieron, lo que le llevó a pedir apoyo a Alfonso III. Aún así, las continuas derrotas le llevaron a refugiarse en la casi inexpugnable fortaleza de Bobastro. Murió en 917 y aunque sus hijos continuaron la causa de su padre, Bobastro fue finalmente tomado por Abd al-Rahman III en 928.

Durante la última mitad del siglo IX y principios del X, la revuelta de los mozárabes, capitaneada por Omar Iben Hafsun, supuso una convulsión social para el emirato y posteriormente para el primer calífa cordobés. El asentamiento de una buena parte de los rebeldes de Bobastro, la fortificación de la ciudad y las alianzas que fue concertando en las poblaciones vecinas de Ardáles, Cañete la Real y Álora, donde se construyeron y/o mejoraron sus castillos, protegió en un primer momento a Hafsún del califato cordobés.

En Bobastro según las crónicas, Omar Iben Hafsun construyó varias iglesias. Una de ellas estaba junto al alcázar, en la zona más alta de la ciudad, claramente vinculada al cuartel general de la revuelta. Otra sin embargo, estaba, en un entorno próximo a la urbe, en la cara oeste de la montaña, relacionada con la comunidad religiosa protegida por Umar. Ambas iglesias poseyeron proporciones similares, pero la del alcázar estaba construída con sillares, mientras que ésta se excavó en la roca. Además la iglesia rupestre formaba parte de un recinto cuadrangular que albergaba a los monjes. Un convento ejecutado por y para la comunidad religiosa. No sería improbable que la ciudad de los mozárabes conservase alguna iglesia más. De hecho junto al desfiladero de los Gaitanes, se encuentra la Ermita de Villaverde, edificada sobre un recinto que incluía una necrópolis mozárabe.

La arquitectura de las iglesias de Bobastro tienen su antecedente en las basílicas paleocristianas e hispano visigodas. Es lógico que Omar Iben Hafsun, quisiera legitimar su decisión en la tradición. Sin embargo la verdadera afrenta al califato cordobés está en el nombramiento como obispo de esta iglesias de Yafar Ibn Maqsim, en 916. Se sabe que el emir Abd al Rhaman III, visitó el lugar cuando conquistó Bobastro a los hijos de Hafsun en 928, desterrando a sus habitantes, destruyendo casas, y sobre todo las iglesias que el rebelde había construído.